染色质边缘因子是指一类能与染色质的边界元素相互作用，能正确区分染色质不同性能区域如活性区和沉默区的一类因子。常见的如CTCF蛋白可结合到绝缘子上进一步发挥作用。早期研究显示此类因子较少有共同序列或DNA结合蛋白，但新近研究显示CGATA是多数此类因子的共同序列。