chromosome conformation capture carbon copy(5C) 染色体构象捕获碳拷贝技术
染色体构象捕获碳拷贝技术又叫3C碳拷贝技术,是在3C(染色体构象捕获)技术上发展起来的适用于检测大量长片段染色质相互作用的技术。其主要基于3C技术的基本原理,结合连接介导的扩增(ligation-mediated amplification,LMA)来增加3C检测的通量。以3C酶切连接文库为模板,在3C引物端加上通用接头,例如在正向引物(bait)的5′端加上T7接头,在反向引物的3′端加上T3接头,若两个推测片段存在相互连接,则因连接酶介导的连接作用的性质,只有连接上的片段才有扩增。这样,利用通用引物T7、T3进行PCR,而后将产物进行高通量测序即可实现高通量的3C实验。由于5C技术使用的是通用引物,所以号称高通量版的3C技术。但该技术需要已知DNA片段之间的相互作用来设计用于多重连接酶依赖的探针扩增技术所用的特有探针。3C用来在体定量检测DNA间相互作用,该技术最先用来描绘酵母三号染色体的空间构象图以及真核生物基因组DNA元件与其靶基因的相互作用。3C技术一般适用于低通量检测染色质之间的相互作用,而5C技术则联合应用3C技术和多重连接酶依赖的探针扩增技术,应用芯片或DNA测序可以实现高通量检测。5C技术可以描绘出基因组中基因元件间的相互作用网络图,借助该网络图可以深入洞察调控元件与其靶基因间的关系。参见chromosome conformation capture(3C)。